某市一高档住宅小区，2000年业主在购买商品房时，都同时购买了一间地下室，办理了房屋产权证后，部分住户到当地国土资源局申请办理《国有土地使用证》时，被告知地下室不能颁发《国有土地使用证》。一些业主对此提出疑问，当地国土资源局没有给予合理解释，但该国土资源局已给该小区部分住户的地下室发放了《国有土地使用证》。未能办理地下室的《国有土地使用证》的住户不服，要求国土资源局给出明确理由，否则将以行政不作为为由提起行政复议或者行政诉讼。

该国土资源局经认真研究，并向上级部门请示咨询后，给该小区的住户发放了地下室的《国有土地使用证》。

关于地下室能否登记发证的问题，目前我国的法律法规还没有明确的规定。但是，各地在实践中已经进行了积极的探索，有的对方进行了登记发证。在实践中，一般根据的是国土资源部2000年8月15日给广东省国土资源厅《关于地下建筑物土地确权登记有关问题的复函》(国土资厅函[2000]171号]，其中规定：“1、凡是与地上建筑物连为一体的地下建筑物，其土地权利可以确定为国有土地使用权。具体登记时，将地下建筑物的建筑面积计入整体建筑总面积，然后按权利人拥有的地下建筑面积占整体建筑面积的比例分摊地面上的土地面积。2、离开地面一定深度单独建造，不能与地上建筑物连为一体的地下建筑物，其土地权利可确定为国有土地使用权(地下)。具体登记时，其土地面积为地下建筑物垂直投影面积，并在备注栏说明相应地上国有土地使用权的特征。国有土地使用权(地下)在不违反地下建筑物规定的用途、使用条件的前提下，可以进行出租、转让和抵押。”

另外，北京市国土资源局于2005年3月30日发布的(关于在京中央国家机关住宅用地土地登记的处理意见)第3条以及重庆市国土房管局2004年11月发布的《重庆市土地房屋权属登记操作规程(试行)》第7条均按照国土资源部的复函内容对地下建筑物进行了规定。从实际需要分析，该国土资源局给住户的地下室进行土地登记发证是可行的。

《物权法》颁布以后，建设用地使用权可以分层设立，这样就可以很好地解决如上所述的一些争议和矛盾。