通过分析可以看出，对于拆迁制度运行问题的认识，不能仅仅看到其直接的成本与收益，还要看到由于制度缺陷所造成的额外成本与收益，因此，要从不同拆迁主体行为的方方面面，全面评价拆迁制度运行所带来的成本与收益，并依据成本最小化的原则，探讨新的拆迁制度体系。

此外，还要考虑到拆迁制度改革本身的成本问题。这是因为，任何一种制度的改革必然会对社会既存的财富造成一定消耗，使原有的利益分配格局被打破，这样必定会受到来自于利益受损者的抵制与阻碍，从而产生制度改革的实施成本。

因此，在选择拆迁制度改革方案时，应该对该项制度的实施效果进行理性预期，做出科学的判断与选择，以尽可能减少改革阻力。